Vabimo študente UL FKKT, ki vas zanima delo z encimi in proteini nasploh, da se nam pridružite!

Letno sprejmemo 2 do 3 diplomske študente in 2 do 3 magistrske študente. Študenti se vljučite v tekoče raziskovalno delo skupine, natančno temo pa določimo po dogovoru. Delo glede na uporabljeno metodologijo zajema predvsem tehnike encimske kinetike, proteinske biokemije, spektroskopije, molekularne biologije, molekulskega kloniranja, mutageneze, priprave rekombinantnih proteinov, osnovnih mikrobioloških tehnik, računske biologije, biokemijske informatike, molekularne evolucije, lahko pa tudi proteinske kristalografije in celične biologije, v sodelovanju s Katedro za organsko kemijo pa tudi organsko sintezo.

Aktualna področja nalog:

Encimski inženiring – poglavitna tematika skupine. Delo je usmerjeno v razvoj optimiziranih papainu podobnih peptidaz in drugih encimov za raziskovalne in biotehnološke namene z uporabo racionalnih pristopov in/ali usmerjene evolucije. Vsebuje kombinacijo računskih metod, molekularno-bioloških tehnik, proizvodnje rekombinantnih proteinov ter karakterizacije njihove aktivnosti. Trenuten poglavitni cilj v okviru te tematike je inženiring oligomernih različic monomernih encimov z izboljšanimi lastnostmi v primerjavi z divjim tipom.

Modulacija interakcij protein-protein – modulacija (inhibicija/stabilizacija) interakcij protein-protein je pomembno orodje v kontroli delovanja proteinov v celicah in predstavlja možnost za razvoj novih zdravilnih učinkovin. Pri iskanju modulatorjev si lahko pomagamo z našim lastnim sistemom za detekcijo (homofilnih) interakcij med proteini v bakteriji Escherichia coli. Tematike v okviru tega sklopa obsegajo (a) razvoj sistema za detekcijo in modulacijo heterofilnih interakcij med proteini, (b) uporabo sistemov za identifikacijo malih molekul, ki delujejo kot modulatorji interacij, (c) razvoj in uporabo knjižnic vezavnih proteinov (afiteles, nanoteles itd), ki delujejo kot modulatorji teh interacij itd.

Molekularni mehanizmi uravnavanja Sirtuina 6 – sirtuin 6 je histonska deacetilaza, ki jo veliko preučujejo zaradi njene vloge v regulaciji mehanizmov popravljanja DNA, ki je povezana s staranjem in nekaterimi boleznimi. Čeprav je znanih več skupin alosteričnih aktivatorjev sirtuina 6, molekularni mehanizmi njihovega delovanja niso natančno pojasnjeni. Cilj v okviru te tematike je preučiti te mehanizme z metodami mestno-specifične mutageneze in encimske kinetike v kombinaciji z drugimi funkcijskimi, strukturnimi in računskimi metodami.

Uporaba encimov v biotehnološke in okoljske namene – primaren cilj je trenutno uporaba encimov za razgradnjo in reciklažo različnih vrst plastike. Vključuje identifikacijo encimov in razvoj protokolov za encimsko razgradnjo ter optimizacijo encimov z genskim inženiringom.

Karakterizacija evolucijsko oddaljenih papainu podobnih peptidaz – Človeške, živalske in rastlinske papainu podobne cisteinske peptidaze so dobro preučene, nasprotno pa je večina njihovih homologov, ki jih najdemo pri enoceličnih evkariontih in bakterijah, zelo slabo poznanih. Ker so zlasti bakterijske peptidaze potencialno zelo uporabne v industriji in biotehnologiji, je naš cilj te proteaze okarakterizirati in ovrednotiti njihov biotehnološki potencial.