Za študente

Vabimo študente UL FKKT, ki vas zanima delo z encimi in proteini nasploh, da se nam pridružite!

Letno sprejmemo praviloma 2 do 3 diplomske študente in 2 do 3 magistrske študente. Delo glede na uporabljeno metodologijo zajema predvsem tehnike encimske kinetike, proteinske biokemije, spektroskopije, molekularne biologije, molekulskega kloniranja, mutageneze, priprave rekombinantnih proteinov, računske biologije, biokemijske informatike, molekularne evolucije, lahko pa tudi proteinske kristalografije in celične biologije, v sodelavi s Katedro za organsko kemijo pa tudi organsko sintezo.

Aktualne teme nalog:

Karakterizacija efektorjev in mehanizmov alosterične komunikacije pri cisteinskih katepsinih – trenutna poglavitna tematika skupine, v poštev pridejo vse zgoraj navedene metode. Tipične teme s tega področja zajemajo: 1) testiranje vpliva spojin, ki so nam na voljo, na encime, ki še niso bili testirani, 2) karakterizacija vezave spojin na posamezen encim z mutagenezo, lahko tudi z rentgensko kristalografijo, 3) primerjava mehanizmov alosterične komunikacije pri različnih katepsinih z mutagenezo, 4) sinteza novih (izboljšanih) spojin na osnovi struktur znanih efektorjev. Natančno temo sestavimo glede na trenutno aktualnost in v dogovoru s študentom. Del našega dosedanjega dela na tej tematiki je predstavljen tukaj

Iskanje proteinskih tarč malih molekul (t.i. target fishing) – v okviru te tematike se ukvarjamo z identifikacijo proteinskih tarč novih organskih molekul z neznano biološko aktivnostjo. Na ta način bomo identificirali nove biološko aktivne molekule “po obratni poti”, kot se to sicer počne. Začeli bomo tudi z iskanjem novih proteinskih tarč že znanih učinkovin . Za večino teh so namreč poznane le posamezne tarče (proti katerim je bila učinkovina razvita za zdravljenje neke bolezni), ni pa znano, na kako širok spekter različnih makromolekul (proteinov) poleg glavne tarče učinkovine še delujejo. Identifikacija novih tarč omogoča po eni strani uporabo obstoječih učinkovin za zdravljenje novih (oz. dodatnih) bolezni (t.i. drug repurposing), po drugi strani pa omogoča razumevanje stranskih učinkov posameznih učinkovin.

Karakterizacija človeškega katepsina O – gre za peptidazo, ki se povišano izraža pri določenih vrstah raka, je pa zaenkrat zelo malo znanega o njenih funkcijskih in strukturnih lastnostih – namen naloge je predvsem priprava rekombinantnega proteina (protokol je že razvit), njegova aktivacija in biokemijska karakterizacija.

Molekularna evolucija zvitja papainu podobnih peptidaz – papainska naddružina je razširjena v vseh treh domenah kraljestva, znani pa je tudi nekaj evolucijsko oddaljenih sorodnikov s še vedno prepoznavnim papainskim zvitjem. Cilj naloge je raziskati, kako daleč lahko sledimo papainskemu zvitju in analizirati, katere ključne strukturne in funkcijske lastnosti so tekom evolucije najbolje ohranjene. Tematika temelji pretežno na filogenetskih in drugih računalniških metodah. Primerna je (tudi) za samostojno delo (doma) brez časovnih omejitev laboratorijskega dela (povedano drugače – študent si lahko sam razporedi čas dela).

%d bloggers like this: